Трудовую деятельность Э.Рахмонов начал в 1971 году электриком маслозавода г. Курган-Тюбе. С 1971-1974 гг. служил в рядах Советской Армии. После демобилизации продолжил работу на маслозаводе. В 1976-1988 гг. - занимал должность секретаря правления, председателя профкома колхоза Дангаринского района Кулябской области, затем работал в партийных органах. С июня 1988 г. - директор совхоза им. Ленина Дангаринского района. В ноябре 1992 г. был избран председателем исполкома Кулябского областного Совета народных депутатов.

19 ноября на XVI сессии Верховного Совета Республики Таджикистан XII созыва Э.Рахмонов избран Председателем Верховного Совета Республики Таджикистан. 6 ноября 1994 года избран Президентом Республики Таджикистан. 16 ноября 1994 года приведен к присяге. 6 ноября 1999 года Э.Ш.Рахмонов был переизбран Президентом Республики Таджикистан на семилетний срок в соответствии с изменениями, внесенными в Конституцию Республики Таджикистан по итогам референдума 26 сентября 1999 года.

Женат, имеет девятерых детей.